权威期刊Cell Discovery新成果！上海交大洪亮团队提出CPDiffusion模型，超低成本、全自动设计功能型蛋白质

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原标题：权威期刊Cell Discovery新成果！上海交大洪亮团队提出CPDiffusion模型，超低成本、全自动设计功能型蛋白质
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作者：周冰心，十九
编辑：李宝珠
上海交通大学洪亮团队设计了一种扩散概率模型框架 CPDiffusion，该框架能够以非常低的训练成本、数据成本学习蛋白质的序列、结构与功能之间的隐含映射关系，从而生成多样化的蛋白质序列。蛋白质是生命活动的主要执行者，其结构与功能之间的关系一直是生命科学领域研究的核心议题。近年来，随着深度学习的兴起，借助其强大的数据处理能力，让模型学习蛋白质序列、结构及其功能之间的映射关系，设计出具备更高稳定性、更强结合亲和力、更高酶活性的新型蛋白质，可以大幅提升蛋白质设计的效率，并有效降低其研发成本。
然而，现有方法通常需要在大规模数据集上训练一个参数量极大的模型，难以推广到同源序列稀少的特异蛋白上，往往也只能生成结构、功能相对简单的蛋白质。此外，实验验证表明，设计出的蛋白一般活性较低，能够超越野生型蛋白质的更是凤毛麟角。
对此，上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院/药学院洪亮课题组的助理研究员周冰心等人，设计了一种扩散概率模型框架 CPDiffusion，该框架结合蛋白质骨架结构、活性位点等多种生成条件，能够以非常低的训练成本、数据成本，学习蛋

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