复旦脑科学研究院新成果：借鉴语义分割，开发空间转录组语义注释工具 Pianno

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原标题：复旦脑科学研究院新成果：借鉴语义分割，开发空间转录组语义注释工具 Pianno
关键字：转录,空间,注释,数据,基因
文章来源：HyperAI超神经
内容字数：9433字

内容摘要：

作者：哇塞
编辑：李宝珠，三羊
复旦大学脑科学研究院诸颖团队提出了「空间转录组语义注释」概念，并开发了空间转录组语义注释工具 Pianno，能够为组织内的空间点自动定义结构或细胞类型，从而结合来自多个维度的信息，加强对复杂生物系统的解释。自 2020 年被 Nature Methods 评选为年度技术以来，「空间转录组学」已成为当今生命科学领域最炙手可热的革命性技术之一。简单来说，该技术能够获取组织空间信息和转录组数据，从时间和空间维度精准解析组织内基因表达模式，以及细胞类群的空间位置关系等生物学特征，在疾病研究、生长发育、器官结构和物种演化等领域的研究中均具有极高价值。
随着空间转录组学在学术科研领域持续火爆，如 10x Visium、Slide-seq 以及 Stereo-seq 等空间转录组学技术也如泉涌而出，这些最新成果和进展正彻底地改变人类对组织内基因表达模式的研究。然而，仅仅获得组织内特定物理坐标的基因表达谱，还无法全面了解生物系统的复杂性，穷究其理，必须辨别组织内每个空间点的生物学身份。
目前，基于机器学习的方法已被广泛应用于识别空间点的群集，并使用标记基因解释其生物学身

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