韩国版AlphaFold？深度学习模型AlphaPPIMd：用于蛋白质-蛋白质复合物构象集合探索

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原标题：韩国版AlphaFold？深度学习模型AlphaPPIMd：用于蛋白质-蛋白质复合物构象集合探索
关键字：蛋白质,复合物,模型,轨迹,动力学
文章来源：HyperAI超神经
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作者：田小幺
编辑：李宝珠，三羊
延世大学王建民博士及其合作者通过将深度学习与生成式人工智能相结合，构建 AlphaPPIMd 模型，通过分子动力学模拟揭示出蛋白质相互作用的奥秘。在生命的舞台上，蛋白质扮演着不可或缺的角色。它们是生物体中最为活跃的分子，参与细胞的构建、修复、能量转换、信号传递以及无数关键的生物学功能。同时，蛋白质的结构与其功能密切相关，而它们的功能又通过与蛋白质、多肽、核苷酸以及各种小分子的复杂相互作用来实现。这种蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 是细胞内许多生物过程的核心，从细胞信号传导到免疫反应，再到细胞周期的调控，无不涉及 PPI。
然而，人们目前对蛋白质三维结构及其相互作用特性的了解仍不够全面。传统的实验技术，如 X 射线晶体学和冷冻电镜，虽然能够提供高分辨率的蛋白质结构信息，但耗时且成本高昂，且在解析动态过程和低丰度蛋白质时面临挑战。这极大限制了人们对蛋白质功能和相互作用机制的深入理解，进而影响了药物设计和蛋白质工程的发展。
针对于此，延世大学王建民博士及其合作者通过将深度学习与生成式 AI 相结合，利用基于 Transformer 的生成神经网络学习探索

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