上海交大余祥课题组发布可迁移深度学习模型,鉴定多类型 RNA 修饰、显著减少计算成本
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原标题:上海交大余祥课题组发布可迁移深度学习模型,鉴定多类型 RNA 修饰、显著减少计算成本
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作者:哇塞
编辑:李宝珠,三羊
上海交通大学生命科学技术学院长聘教轨副教授余祥课题组,联合上海辰山植物园杨俊 / 王红霞团队,开发了可迁移深度学习模型 TandemMod,实现了在 DRS 中鉴定多种类型的 RNA 修饰。2021 年,因中国科学院院士高福大声疾呼,mRNA 疫苗一夜之间名声鹊起,成为人们在新型冠状病毒肆虐期间的希望。如今,那段特殊过往已成历史,但 mRNA 疫苗背后的 RNA 修饰却仍在以日新月异的速度向前发展。
所谓 RNA 修饰,是一类重要转录后调控方式,能够广泛参与各种 RNA 转录后的加工代谢途径。
RNA 修饰之所以值得被关注,还因其在真核生物生长发育过程中发挥了至关重要的生物学功能。例如,近年研究发现,N⁶-甲基腺苷 (m⁶A) 在哺乳动物胚胎干细胞中的去稳定化作用与多种疾病相关,5-甲基胞嘧啶 (m⁵C) 与水稻对高温的耐受性有关。
不过,RNA 具有多种类型的修饰,迄今为止,自然界 RNA 中被发现的修饰类型已超过 160 种。此前,由牛津纳米孔科技有限公司 (Oxford Nanopore Technologies, ONT) 开发的纳米孔直接 RN
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