催化能力提高 3.5 倍!中科院团队基于扩散模型,开发 P450 酶从头设计方法 P450Diffusion
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原标题:催化能力提高 3.5 倍!中科院团队基于扩散模型,开发 P450 酶从头设计方法 P450Diffusion
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文章来源:HyperAI超神经
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作者:梅菜
编辑:李宝珠,十九
中国科学院天津工业生物技术研究所的新酶设计团队,开发了基于扩散模型和口袋设计原则的 P450 酶从头设计方法 P450Diffusion。细胞色素 P450 酶几乎于所有生物体中普遍存在,在生命成长和发育的各种代谢过程中发挥着重要作用。作为自然界中最通用的生物催化剂,P450 酶不仅能催化超过 95% 已报道的氧化还原反应,而且能在温和条件下选择性氧化惰性碳-氢键,被誉为工业应用中的「万能催化剂」。
如今,定向进化已广泛应用于设计具有更好性能的新型 P450 酶,然而,传统方法通常需要多轮随机诱变和高通量筛选,因此无论是执行实际实验还是通过计算机模拟计算,都很难详尽地探索潜在的蛋白质空间。
尽管深度学习在蛋白质结构预测方面取得了显著成就,但理想的功能设计仍然是一项巨大挑战——在进行蛋白质功能设计时,很难收集到足够的高质量功能数据,并训练一个复杂的模型以创建具有所需功能的序列,因此,将知识驱动的技术与强大的深度学习模型相结合,以扩展自然蛋白质序列空间,可能是设计新型 P450 酶的适当方法。
近日,中国科学院天津工业生物技术研究所江会锋、程健等研究员,通过
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