Bowtie官网入口网址，超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具

NAMD官网入口网址，一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件

MUMmer官网入口网址，一个快速比对两个基因组序列的软件

T-Coffee官网入口网址，准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息,实验数据等用于序列比对

SAMtools官网入口网址，一套与高通量测序数据交互的程序

InterProScan官网入口网址，通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

ClustalW-MPI官网入口网址，并行ClustalW

ClustalW2官网入口网址，一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系

GROMACS官网入口网址，用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

HMMER官网入口网址，基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对

EMBOSS官网入口网址，欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包

mpiBLAST官网入口网址，NCBI BLAST的免费开源并行实现。通过数据库碎片，查询分段，智能调度和并行I/O有效利用分布式计算资源，mpiBLAST将NCBI BLAST性能提高了几个数量级，同时扩展到数百个处理器。

Elmer官网入口网址，开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力学、结构力学、声学、热力学模拟

CAST3M官网入口网址，一款用于结构分析的有限元软件，适合固体、流体、传热等多领域问题，集成了前后处理和求解器

Fds官网入口网址，一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD软件

OpenLB官网入口网址，一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算流体动力学问题

Salome官网入口网址，为数值计算提供预处理和后处理的开放源代码的通用平台，由众多可再用组件构成，这些组件适用于多种硬件架构

Code_Saturn官网入口网址，由EDF自1997年起自主研发的一款通用计算流体力学开源软件

Code_Aster官网入口网址，结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门的“机械和声学分析”部门开发

Palobos官网入口网址，基于ＬＢＭ方法的计算流体软件，主要用于流体模拟

OpenFOAM官网入口网址，一个针对不同的的流动编写不同的C++程序集合

XCrySDen官网入口网址，从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算

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Multiwfn官网入口网址，能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的波函数分析程序

SIESTA官网入口网址，用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟

BerkeleyGW官网入口网址，可用于计算从周期性体相晶体到纳米结构多种材料（如二维平面、一维线和分子）的准粒子性质和光学响应

WanT官网入口网址，用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间的Wannier function来描述体系的哈密顿量

PSI4官网入口网址，一款开源的从头计算量子化学软件

Yambo官网入口网址，一款从头计算软件，在多体微扰论及含时密度泛函理论框架下计算电子系统的准粒子能量和光学性质

DL_POLY官网入口网址，一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合物、离子系统和溶液进行分子动力学模拟

Octopus官网入口网址，一款赝势实空间软件包，用于含时电磁场下的一、二及三维有限系统的电子-离子动力学模拟

TURBOMOLE官网入口网址，进行HF，DFT，MP2计算最快最稳定的代码之一