CP2K官网入口网址，一款著名的从头算分子动力学软件

MPQC官网入口网址，大型并行量子化学软件；支持密度泛函（DFT）

CPMD官网入口网址，密度泛函平面波赝势代码，一款用于分子动力学从头计算的开源软件

Blast官网入口网址，能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能

DOCK官网入口网址，Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一

AUTODOCK官网入口网址，主要应用于执行配体—蛋白分子对接

TINKER官网入口网址，一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持多种模型

CFOUR官网入口网址，以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰、CI、QCI计算

GAMESS官网入口网址，从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF计算波函，其中一些使用CI和MP2修正

NWChem官网入口网址，使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可进行经典分子动力学和自由能模拟

国家超算长沙中心官网入口网址，天河1A，0.772Pflops，湖南大学运营，国防科大学提供计算设备和技术支持

国家超算济南中心官网入口网址，神威·蓝光，0.796Pflops,山东省计算中心承建

TOP500 超算排名官网入口网址，国际TOP500组织发布的，全球已安装的超级计算机系统排名

用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子动力学软件包

基于密度泛含理论，采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系

被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，用于生物大分子的模拟

半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件

高效能的计算仿真工具, 工程师能够根据自行定义多种物理模型,应用於各种不同的工程领域

针对超级计算机能效的排行榜

神威·太湖之光，93Pflops，科技部、江苏省和无锡市三方共同投资建设

天河2A，61.4Pflops，由广东省、广州市、国防科大、中山大学共同建设

国家超级计算天津中心是2009年5月批准成立的首家国家级超级计算中心，部署有2010年11月世界超级计算机TOP500排名第一的“天河一号”超级计算机和“天河三号”原型机系统，构建有超算中...

国家超级计算深圳中心（深圳云计算中心）系深圳市人民政府批准成立的企业化管理事业单位，属国家863计划、广东省和深圳市重大项目。主机系统2010年5月经世界超级计算机组织实测确...

国家超级计算郑州中心

曙光5000A，0.4Pflops，上海重要的信息技术基础设施

深腾7000，2.3Pflops(0.7CPU+1.6GPU)，元”超级计算系统

面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决多尺度非线性的地球科学和工程力学问题

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

序列组装程序

专门适用于海洋或者海岸工程