COSMOMC官网入口网址，宇宙学和天体物理研究中经常用到的一款重要的程序包

GADGET-2官网入口网址，一个极为流行的宇宙学模拟程序

MM5官网入口网址，中尺度天气预报模式

CMAQ官网入口网址，通过整合多个相关科学规律模拟空气质量问题发生的全过程

SELFE(ELCIRC)官网入口网址，基于非结构化三角形网格，专为有效模拟三维斜压循环而设计

CESM官网入口网址，程序主要分为模拟大气、地表、海洋和海冰四大部分

Cubep3m官网入口网址，专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序，利用MPI和OpenMP两层并行结构对N体问题Particle-Mesh算法进行加速

FVCOM官网入口网址，用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分

WRF官网入口网址，一个应用广泛的开源气象模拟软件

MPB官网入口网址，免费的开源软件包，用于计算串行和并行计算机上的频带结构，色散关系和周期性介电结构的电磁模式

Meep官网入口网址，免费的开源软件包，用于通过有限差分时域（FDTD）方法模拟电磁系统

Phonopy官网入口网址，一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件

GPAW官网入口网址，性能与VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛函理论（DFT）Python代码

Smeagol官网入口网址，基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(NEGF)的从头电子疏运代码

DACAPO官网入口网址，基于密度泛函理论计算总量的程序

PWmat官网入口网址，原子尺度方面的材料模拟软件包，它基于第一性原理，利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算、分子动力学模拟

ABACUS官网入口网址，（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机代码目标是从第一原理开始的大规模电子结构模拟

CALYPSO官网入口网址，（粒子群优化的晶体结构分析）是一种有效的结构预测方法及其同名计算机软件

Quantum ESPRESSO官网入口网址，免费，用于电子结构计算和材料建模的从头算量子化学方法的软件套件

Wannier90官网入口网址，Wannier90使用Marzari和Vanderbilt的方法(MV)进行最大局域化瓦尼尔函数计算

EGO官网入口网址，模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序

SPAdes官网入口网址，可以拼接来自多个平台的测序数据

TopHat官网入口网址，一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序

NovoAlign官网入口网址，一款商业软件,但是如果只是科研用途的话,可以直接从其网站上下载到编译好的程序

HISAT2官网入口网址，是一种快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（包括DNA和RNA）映射到人类基因组群体（以及单个参考基因组）

Megahit官网入口网址，用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序，例如土壤

Phylip官网入口网址，一款很经典的构建进化树的软件

MrBayes官网入口网址，使用贝叶斯方法构建系统发育树

PAML官网入口网址，一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

GenomeComp官网入口网址，中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具

Velvet官网入口网址，用于拼接短序列组装

ABySS官网入口网址，一个短序列的从头拼接软件